Первым шагом в экстракции РНК является выяснение типа образца, который будет экстрагироваться, что имеет решающее значение для выбора правильного набора.

Общие типы образцов включают:

① Образцы клеток: включая адгезивные и суспензионные клетки. Экстракция РНК относительно проста, но необходимо обратить внимание на то, могут ли специальные клеточные линии или компоненты питательной среды влиять на эффект экстракции.

② Образцы тканей: экстракция РНК из тканей животных или растений более сложна, особенно для растительных клеток, из-за наличия клеточных стенок, требуются специальные этапы лизиса. Некоторые ткани животных, такие как ткани печени и мышц, содержат большое количество белков и ферментов, которые могут влиять на чистоту РНК.

③ Образцы крови: содержание РНК в крови низкое и легко разрушается нуклеазами, поэтому следует уделить особое внимание ингибированию РНКаз. Кроме того, для цельной крови, сыворотки или плазмы требуются разные наборы.

④ Образцы вирусов: если экстрагируется вирусная РНК, следует выбрать набор, способный эффективно лизировать вирусную оболочку. Некоторые наборы позволяют напрямую экстрагировать РНК из вирусных суспензий.

Для особых потребностей этих различных образцов выбор оптимизированного набора может значительно улучшить эффективность и скорость восстановления экстракции РНК. Если эксперимент включает в себя несколько типов образцов, выбор универсального набора для экстракции РНК, совместимого с различными образцами, также является хорошим выбором.

Современные методы экстракции РНК в основном делятся на традиционные методы фенол-хлороформ и современные методы колоночной экстракции. При выборе подходящей методики следует учитывать несколько факторов:

Метод фенол-хлороформ (метод TRIzol): Этот метод основан на использовании органических растворителей, таких как фенол и хлороформ, для разделения фаз. Это классическая методика экстракции РНК, которая позволяет одновременно экстрагировать ДНК, РНК и белки. Она подходит для экстракции РНК высокого качества с высокой степенью восстановления, особенно эффективна в образцах с низким общим содержанием РНК. Однако химические реагенты, используемые в этом методе, токсичны и требуют дополнительной осторожности при обращении.

Колоночный метод: Метод колоночной экстракции основан на адсорбции кремниевых мембран или центрифужных колонок, отделяя РНК от других примесей. Его преимуществами являются простота, быстрота работы и отсутствие необходимости использования органических растворителей, что подходит для использования в высокопроизводительных лабораториях. Однако его скорость восстановления РНК немного ниже, чем у метода фенол-хлороформ, и он может иметь определенные ограничения при работе со сложными образцами (например, с тканями с высоким содержанием жиров или белков).

Выбор должен учитывать простоту работы, эффективность экстракции, чистоту РНК и безопасность лаборатории. Если вы новичок, то колоночный метод может быть более подходящим выбором из-за меньшего количества шагов и большей безопасности.

Рабочая нагрузка и конфигурация оборудования лаборатории будут в значительной степени влиять на выбор процесса экстракции РНК:

Ручная экстракция: Подходит для экспериментов небольшого масштаба или экстракции РНК из специфических образцов. Преимуществом ручного управления является то, что требования к оборудованию низкие, а стоимость низкая, что подходит для начинающих или временных экспериментальных проектов. При ручной экстракции очень важны навыки и опыт экспериментатора. Особенно на нескольких этапах, связанных с пипетированием и промывкой образцов, любые ошибки могут привести к потере образца или его загрязнению.

Автоматизированная экстракция: Для лабораторий, которым необходимо проводить высокопроизводительные эксперименты, автоматизированные системы являются более эффективным выбором. Автоматизированные платформы для экстракции РНК могут уменьшить ошибки, вызванные ручным управлением, одновременно повышая воспроизводимость и согласованность экспериментов. Эти системы обычно поставляются с соответствующими автоматизированными наборами реагентов. Хотя первоначальные инвестиции высоки, в долгосрочной перспективе это может сэкономить много времени и трудозатрат. Следует отметить, что при выборе автоматизированного набора для экстракции необходимо убедиться, что набор совместим с уже имеющимся в вашей лаборатории автоматизированным оборудованием.

Наборы для экстракции РНК обычно содержат различные реагенты и расходные материалы, такие как буфер лизиса, буфер промывки и буфер элюции. При выборе набора, помимо внимания к этим основным компонентам, следует также учитывать, необходимы ли другие функциональные компоненты:

Буфер лизиса: Это один из самых важных компонентов набора. Для растительных клеток, тканей животных или других образцов, которые трудно лизировать, может потребоваться выбрать набор, содержащий сильные компоненты лизиса (например, детергенты).

Этап ДНКазного расщепления: Некоторые наборы для экстракции РНК содержат ДНКазу, которая может удалить контаминацию ДНК из образца. Это важно для последующих экспериментов, требующих высокой чистоты РНК (например, ПЦР в реальном времени или секвенирование транскриптома).

Стабилизатор РНК: Некоторые наборы содержат стабилизаторы РНК для предотвращения деградации экстрагированной РНК, особенно для легко деградируемых образцов или экспериментов, которые необходимо хранить в течение длительного времени.

В соответствии с конкретными экспериментальными потребностями выбор набора с соответствующими дополнительными компонентами может обеспечить более высокое качество экстракции и надежность данных.

При использовании наборов для экстракции РНК может потребоваться определенная поддержка оборудования, Общее оборудование включает:

Центрифуга: Большинство процессов экстракции РНК требуют высокоскоростного центрифугирования. Если в лаборатории нет подходящей центрифуги или центрифуга не может достичь скорости и емкости, требуемых набором, это может повлиять на эффект экстракции.

Автоматизированная платформа для экстракции: Для автоматизированной экстракции необходимо убедиться, что набор совместим с имеющейся в лаборатории платформой для экстракции. Различные марки автоматизированных платформ могут требовать различных типов расходных материалов, таких как специальные экстракционные колонки или планшеты.

Пипетки и расходные материалы: Ручная экстракция обычно требует множества операций пипетирования, поэтому высококачественные пипетки и наконечники без РНКаз являются необходимыми расходными материалами для предотвращения загрязнения РНК во время экстракции.

При покупке набора обязательно заранее убедитесь, что имеющееся лабораторное оборудование отвечает требованиям, чтобы избежать ситуаций, когда его нельзя использовать или эффект экстракции не идеален.

Выбор правильного набора для экстракции РНК несложен; главное — четко определить свои экспериментальные потребности и понять технические принципы и область применения набора. Будь вы новичок в лаборатории или опытный исследователь, освоение этих шагов поможет вам выбрать правильный набор для экстракции РНК! Далее я порекомендую несколько импортных и отечественных наборов, чтобы облегчить ваш выбор.

1. Импортные наборы реагентов

На рынке представлено множество высококачественных импортных наборов для экстракции РНК, подходящих для исследователей с высокими требованиями к высокой скорости восстановления и низкому уровню загрязнения. Эти наборы обычно имеют хорошую репутацию и зрелые технологии. Например, Zymo Research, Qiagen и Thermo. Сегодня мы поговорим в основном о наборах для экстракции РНК от Zymo Research.

[R1050]

Zymo Research Quick-RNA™ Miniprep Plus Kit
Особенности: Применимые типы образцов: Широко применим к различным образцам, таким как клетки, ткани, кровь и вирусы.
Метод экстракции: Использует метод колоночной экстракции, используя силикагелевую мембрану для эффективного разделения РНК и уменьшения загрязнения.
Скорость и чистота извлечения: Обеспечивает скорость извлечения РНК ≥90%, высокую чистоту РНК с соотношением OD260/OD280, как правило, от 1,8 до 2,2, подходящим для последующих применений.
Обработка ДНКазой: Необязательный этап переваривания ДНКазой для удаления загрязнения ДНК и повышения чистоты РНК.
Преимущества
① Простота в эксплуатации: Чёткие шаги, легко усваивается, подходит для начинающих и высокопроизводительных экспериментов.
② Высокая эффективность: Эффективно удаляет примеси из сложных образцов (таких как ткани или кровь) для получения высококачественной РНК.
③ Совместимость: Подходит для различных последующих применений, включая ПЦР в реальном времени, секвенирование РНК и анализ экспрессии генов.

[R2050]

Набор для минипрепарации РНК Zymo Research Direct-zol™
Особенности:
Применимые типы образцов: Аналогично применим к различным типам образцов, особенно клеткам и тканям.
Метод экстракции: Использует аналогичный метод колоночной экстракции; конструкция может быть оптимизирована на некоторых этапах.
Скорость и чистота извлечения: Скорость и чистота извлечения также относительно высоки, подходит для различных молекулярно-биологических экспериментов.
Преимущества:
Оптимизированная конструкция: Может быть оптимизирована для конкретных типов образцов, таких как некоторые труднолизируемые клетки или ткани, эффективно улучшая извлечение РНК.
Быстро и удобно: Простота в эксплуатации, подходит для быстрого извлечения и анализа.

[Рекомендация]
R2050: Если ваш эксперимент включает сложные образцы (такие как ткани, кровь) и требует высокой чистоты и скорости извлечения РНК, R2050 — отличный выбор. Его высокая эффективность и простота в эксплуатации очень подходят для лабораторий, которым требуется частое извлечение РНК, особенно при проведении последующего анализа, такого как секвенирование РНК и ПЦР в реальном времени.
R1050: Если ваш эксперимент в основном включает клеточные образцы и ваш бюджет относительно ограничен, R1050 может удовлетворить большинство потребностей. Его оптимизированная конструкция обеспечивает лучшую производительность при работе с некоторыми конкретными образцами, обеспечивая при этом достаточное качество РНК для рутинного анализа.

2. Отечественные наборы реагентов

В последние годы качество отечественных наборов для экстракции РНК неуклонно улучшается, и они имеют ценовое преимущество. Для лабораторий или учебных экспериментов с ограниченным бюджетом отечественные наборы являются очень экономичным выбором. Распространенные отечественные бренды включают:

[TR205] Набор для экстракции тотальной РНК малого масштаба

Характеристики продукта:
① Применимые типы образцов: TR205 может экстрагировать РНК из различных типов образцов, включая: клетки (такие как культивируемые клетки млекопитающих), ткани (такие как печень, мышцы и т. д.), дрожжи, растения, бактерии, биологические жидкости (такие как сыворотка, плазма)
② Метод экстракции: Использует метод колоночной экстракции, упрощая традиционные этапы разделения фаз; хлороформ или осаждение изопропанолом не требуется. Весь процесс экстракции занимает всего около 10 минут.
③ Чистота РНК: Этот набор эффективно удаляет загрязнение ДНК, исключая необходимость дополнительной обработки ДНКазой. Экстрагированная РНК обладает высокой чистотой и подходит для чувствительных последующих применений, таких как RT-ПЦР, анализ экспрессии генов и секвенирование РНК.

Преимущества:
① Высокая эффективность: По сравнению с традиционным методом Trizol, TR205 значительно сокращает время работы и уменьшает использование токсичных реагентов.
② Высокая гибкость: Применим к различным типам образцов; лаборатория может обрабатывать образцы РНК из различных источников, не используя разные наборы.
③ Простота в эксплуатации: Не требует сложных этапов разделения, особенно подходит для лабораторий, которым необходимы упрощенные этапы работы, или для начинающих экспериментаторов.

Применимые сценарии:
Если ваш эксперимент включает широкий спектр источников образцов (таких как клетки, ткани, растения и т. д.) и вам необходимо высокоэффективное, быстрое и высококачественное решение для экстракции РНК, TR205 — отличный выбор. Его гибкость и упрощенный рабочий процесс значительно повысят эффективность работы, особенно в разнообразных лабораториях.

[TR150] Микро набор для быстрой экстракции тотальной РНК
Характеристики продукта:
① Применимые типы образцов: TR150 специально разработан для обработки микрообразцов, подходит для экстракции РНК из очень небольших количеств образцов, включая: отдельные клетки (даже всего 1 клетка), небольшие количества ткани (такие как очень малые срезы ткани), дрожжи, растения, бактерии и т. д.
② Метод экстракции: Он также использует метод колоночной экстракции; разделение фаз или токсичные реагенты не требуются, обеспечивая быструю экстракцию РНК. TR150 особенно подчеркивает способность экстрагировать малые РНК (такие как микроРНК), что очень важно для экспериментов, связанных с исследованием некодирующей РНК.
③ Чистота РНК: TR150 может эффективно экстрагировать высокочистую РНК, свободную от геномной ДНК, из очень небольших количеств образцов. Экстрагированная РНК также подходит для высокочувствительных экспериментов, таких как RT-ПЦР и высокопроизводительное секвенирование.

Преимущества:
① Чрезвычайно высокая чувствительность: Он может экстрагировать высококачественную РНК из очень малых образцов, подходит для экспериментов с редкими или минимальными образцами.
② Отличная способность экстракции малых РНК: Этот набор особенно эффективен при извлечении малых РНК, подходит для экспериментов по изучению микроРНК и других некодирующих РНК.
③ Эффективно и удобно: Как и TR205, этот набор не требует сложных этапов разделения, упрощая процесс работы.

Применимые сценарии:
TR150 очень подходит для экспериментов по изучению редких образцов (таких как одноклеточный анализ) или тех, у которых есть особые потребности в малых РНК. Для лабораторий, проводящих исследования некодирующей РНК (такой как микроРНК) или работающих с чрезвычайно малыми образцами, этот набор обеспечивает гибкость и эффективность, обеспечивая достаточное извлечение РНК из минимальных образцов для последующего анализа.

Резюме: [TR205] подходит для большинства рутинных экспериментов по экстракции РНК, особенно для лабораторий, работающих с различными типами образцов и требующих высокочистой, высокоэффективной экстракции РНК. [TR150] особенно подходит для экстракции минимальных образцов, особенно для экспериментов с очень небольшим количеством РНК или требующих экстракции малых РНК, что делает его идеальным выбором для одноклеточных экспериментов или исследований микроРНК.
Выбор набора зависит от ваших экспериментальных потребностей. Если у вас большое количество образцов различных типов, рекомендуется TR205. Если вы работаете с минимальными образцами, особенно в экспериментах, требующих малых РНК, рекомендуется TR150.